Когда мы говорим «шишка на ровном месте», то тем самым характеризуем неспособного начальника, который только и умеет, что «руками водить», да к тому же ещё и с апломбом. При этом само выражение ассоциируется с наростом, вдруг возникшем на ровном месте.
Позволю себе высказать и обосновать другое предположение, связанное с бытом бурлацкой среды в XIX веке.
Из Толкового словаря Даля можно узнать, что «шишка» - это бурлак, возглавляющий бригаду бурлаков, идущих бечевой, передовой бурлак. Именно он выбирал путь движения, хорошо зная изгибы берега у реки, мели на реке, особенности оврагов.
Идти впереди физически тяжелей, чем следом, поэтому обычно «шишка» тянул бечеву где-то в середине группы. Но как только возникала сложная ситуация, следовал призыв бригады: «Шишка, вперед!», и «шишка» возглавлял движение, показывая правильный путь и руководя действиями бурлаков.
Выйдя на ровное место, «шишка» уступал предводительство другому бурлаку (скорее всего, в этой обычной ситуации передовые сменялись через определённый интервал времени). Вот этот-то идущий впереди на ровном месте бурлак и назывался «шишкой на ровном месте».
А если он к тому же на ровном месте, где и так всё понятно, пытался командовать, то можно себе представить, какие насмешки, а то и возмущённые крики своих товарищей вызывал этот «шишка на ровном месте».
Таким образом, «шишка на ровном месте» - это начальник, дающий указания, когда и так всё ясно (т. е. ненужные распоряжения).
Дальнейшее развитие значения: человек, мнящий себя руководителем, но на деле таковым не являющийся ввиду своей некомпетентности.